Wydział Biologii i Nauk o Środowisku
Instytut Nauk Biologicznych
prof. dr hab. Jacek Tomczyk
Wydział Filozofii Chrześcijańskiej
Instytut Filozofii
ks. dr hab. Ryszard Sadowski, prof. ucz.
Instytut Psychologii
dr hab. Jan Cieciuch, prof. ucz.
Wydział Matematyczno – Przyrodniczy. Szkoła Nauk Ścisłych
Instytut Matematyki
dr hab. Marek Grochowski, prof. ucz.
Instytut Informatyki
dr hab. inż. Krzysztof Trojanowski, prof. ucz.
Instytut Nauk Fizycznych
dr hab. Agata Kamińska, prof. ucz.
Instytut Nauk Chemicznych
dr hab. inż. Iwona Flis-Kabulska, prof. ucz.
Wydział Medyczny. Collegium Medicum
Instytut Nauk Medycznych
dr hab. n. med. Filip M. Szymański, prof. ucz.
Wydział Nauk Historycznych
Instytut Historii
ks. prof. dr hab. Wojciech Zawadzki
Instytut Archeologii
dr hab. Fabian Welc, prof. ucz.
Instytut Historii Sztuki
prof. dr hab. Czesław Grajewski
Wydział Nauk Humanistycznych
Instytut Językoznawstwa
dr hab. Anna Kozłowska, prof. ucz.
Instytut Literaturoznawstwa
dr hab. Anna Szczepan-Wojnarska prof. ucz.
Instytut Nauk o Kulturze i Religii
dr hab. Małgorzata Wrześniak, prof. ucz.
Wydział Nauk Pedagogicznych
Instytut Pedagogiki
ks. prof. dr hab. Jarosław Michalski
Wydział Prawa i Administracji
Instytut Nauk Prawnych
dr hab. Artur Kotowski, prof. ucz.
Wydział Prawa Kanonicznego
Instytut Prawa Kanonicznego
ks. dr hab. Tomasz Białobrzeski, prof. ucz.
Wydział Społeczno-Ekonomiczny
Instytut Nauk o Polityce i Administracji
prof. dr hab. Radosław Zenderowski
Instytut Nauk Socjologicznych
ks. dr hab. Artur Wysocki, prof. ucz.
Instytut Ekonomii i Finansów
dr hab. Adam Koronowski, prof. ucz.
Wydział Teologiczny
Instytut Nauk Teologicznych
ks. dr hab. Tomasz Wielebski, prof. ucz.
Instytut Edukacji Medialnej i Dziennikarstwa
dr hab. Grzegorz Łęcicki, prof. ucz.
Do zadań dyrektorów instytutów należy m.in. kierowanie pracami instytutu – przyjęcie odpowiedzialności za jakość działalności naukowej w danej dyscyplinie zmierzającej do uzyskania kategorii A+, A lub B+ w ewaluacji jakości działalności naukowej, przestrzeganie terminowego wdrożenia zaleceń uregulowanych wewnętrznymi i zewnętrznymi aktami prawnymi. Do ich obowiązków należy także przedstawianie dziekanowi rocznego sprawozdania z efektów działalności naukowej instytutu.